お客様からの注文が2個でAmazonの在庫が1個で足りない時はどうしたら良いでしょうか？

この場合は同じ商品で別のセラーが在庫を持っていれば、そちらと一緒に配送手配します。

たくさんのセラーが、同じものを売っている場合は、1個ずつ買って送ります(マイナスにならなければ)そして、お客様に、梱包がバラバラになって、別々に届くかもしれないとメールしておきます。

数が足りない場合はキャンセルしてます。