オロチの商品編集画面の追跡価格設定から個別で変更したのですが、 値段が戻ってました。

これは、各ストア設定の
追跡価格変更条件種別も
商品個別にするのでしょうか？

はい、仰る通りです！

その場合は、
個別で設定したい商品の他は
デフォルト追跡価格設定の利益率や利益額になるのでしょうか？

→出品時の設定になりますね♪