お客様から、「出荷」した事になっていて未だに修正も何もされないのは如何なものかと思うのですが、どう認識しておりますか?とクレーム

お客様が言われている「出荷したことになっている」と言うのは、ストアクリエイターから、注文IDで見たところの「出荷ステータス」が出荷済みになっているということだと思います。
これは、オートオーダーでメールを送ると、自動的に変更されるように設定されているからです。

「どう対応するか」ですが、正解はないのですが例えば

①出荷ステータスを出荷済みから「出荷処理中」にする

②お客様に、不慣れな従業員が担当しており、ご連絡とシステム処理の順番が逆になってしまったとお詫びする

という感じです。