ヤフショで重複注文でのキャンセルについてメール来たんですけど、キャンセル方法間違ってますかね？

気にしなくて良いかと、あえて言うなら別のサイトで
重複して注文があり、在庫がなくなったのでこちらを選択しました。
で大丈夫だと思います。

キャンセル方法は、間違っていません。オロチのマニュアル通りです。

ただ、ヤフーの設定している項目から言うと、「店舗都合」の「欠品」にあたると思います。しかし、「店舗都合」としてしまうと、ヤフーのSEO、評価などに影響が出てしまうため、オロチのマニュアルでは、「お客様都合」の「重複注文」とすることになっています。
あまりそこまで見ている人はいませんが…今回のような指摘はあるかもしれないです。