会社で実施する場合、申請は登記のある住所、お店の所在地として、ネット上に出す住所はバーチャルオフィスにする、って、可能でしょうか？

問題はないと思いますが、なるべく開業前は統一された住所の方が審査を通すと言う上は有利に働きます♪

開店後にネットショップに記載された住所は変更出来るので、どうしても変更したい場合は開店後の方がよろしいかと思われます♪