auでメールでは注文が入ったメールが届いたのですがオロチ開いて確認したら注文確認待ちと表示されてないのに仕入れの作業ってしちゃって大丈夫なんでしょうか？

auは、お客様が買ってからしばらくの間、キャンセルを受け付けています。そのため、キャンセル受付中という表示になっていますが、しばらくすると新規受付に変わります。
auとオロチで時間差はあるかもしれないですが、au上で、新規受付になっていないと、きちんとステータスが変わらないようです。
キャンセル受付中は、仕入を待った方がいいと思います。